开给客户的专票如果被客户抵扣了该怎么办？

当开给客户的专票被客户抵扣后，首先要明确不同情形下的处理方式。增值税专用发票是一种重要的税务凭证，它不仅是纳税人反映经济活动的重要会计凭证，也是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明。

根据《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第47号）规定，一般纳税人开具增值税专用发票后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止等情形但不符合发票作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票。若专票已抵扣，购买方应在增值税发票管理新系统中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》，在填开《信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息，应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出，待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证。

销售方凭税务机关系统校验通过的《信息表》开具红字专用发票，在新系统中以销项负数开具。红字专用发票应与《信息表》一一对应。这种处理方式可以保证税务数据的准确性和合规性，避免企业因发票问题产生税务风险。所以，在发现专票已被抵扣后，应按照上述规定，由购买方先填开《信息表》，销售方再据此开具红字发票进行冲减。