多交税三年以后才发现该怎么办？

当发现自己多交了税，首先要了解“多缴税款退还”这一概念。简单来说，就是纳税人在缴纳税款时，因为计算错误、适用法律错误或者税务机关的失误等原因，导致缴纳的税款超过了应纳税额，在这种情况下，纳税人有权要求税务机关退还多缴纳的部分。

依据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。

然而，你是在多交税三年以后才发现，从法律条文的字面意思看，似乎已超出了三年的时间范围，可能无法要求加算银行同期存款利息。但这并不意味着你不能申请退还多交的税款。税务机关发现多征税款的情况并没有时间限制，所以你可以主动向税务机关说明情况，提交相关的纳税记录、财务凭证等能证明你多交税的材料，请求税务机关核查。

税务机关在收到你的申请和材料后，会启动核查程序。如果经核查，确实存在多征税款的事实，即便已过三年，税务机关也应当将多征的税款退还给你。因为税务机关有责任保证税款征收的准确性，不能因为纳税人发现时间晚而拒绝退还多征的部分。