甲方质疑乙方公司制度该怎么办？

当甲方质疑乙方公司制度时，可以按照以下步骤处理。首先，我们来了解一下相关法律基础。根据《中华人民共和国民法典》规定，民事主体从事民事活动，应当遵循公平原则，合理确定各方的权利和义务。在甲方和乙方的合作中，双方的合作关系属于民事法律行为，都要受到公平原则的约束。如果乙方的公司制度违背公平原则，损害了甲方的合法权益，甲方是有权利提出质疑并寻求解决办法的。

第一步，甲方可以与乙方进行友好沟通。在合作中，双方出现不同意见是很正常的，友好沟通是解决问题的第一步。甲方可以把自己对乙方公司制度的质疑和担忧坦诚地告知乙方，说明这些制度可能对合作产生的不利影响，争取达成双方都能接受的解决方案。在沟通时，要注意保留相关的聊天记录、邮件等，这些可以作为日后的证据。

第二步，如果友好沟通无法解决问题，甲方可以考虑发送正式的书面函件。书面函件要详细说明质疑的内容、依据以及期望的解决方案。这样做既体现了甲方的重视和专业性，也为后续可能的法律行动留下了证据。根据《民法典》的规定，书面形式的通知等具有明确的法律效力。

第三步，如果上述方法都无法解决问题，并且乙方的公司制度确实严重损害了甲方的合法权益，甲方可以考虑通过法律途径解决。比如向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求乙方调整不合理的制度，并赔偿因该制度给甲方造成的损失。在诉讼过程中，甲方需要提供充分的证据来支持自己的主张。

总之，甲方在质疑乙方公司制度时，要通过合理合法的方式来维护自己的权益，同时也要考虑到合作关系的维护，尽量通过协商解决问题。