土地纠纷案件由哪个部门立案？

土地纠纷案件的立案问题需要根据纠纷的具体类型和性质来确定由谁负责。

首先，如果是土地权属争议，即对土地所有权和使用权的归属存在争议。根据《土地权属争议调查处理办法》第四条规定，县级以上国土资源行政主管部门负责土地权属争议案件的调查和调解工作；对需要依法作出处理决定的，拟定处理意见，报同级人民政府作出处理决定。也就是说，对于土地权属争议，一般是向县级以上人民政府国土资源行政主管部门提出申请，由该部门进行立案调查，最终由同级人民政府作出处理决定。例如，甲村和乙村就某块集体土地的所有权归属产生纠纷，那么它们可以向当地县级国土资源行政主管部门申请立案处理。

其次，如果是土地承包经营纠纷。依据《中华人民共和国农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》第二条，因农村土地承包经营发生纠纷的，当事人可以向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。所以，对于土地承包经营纠纷，当事人既可以选择向农村土地承包仲裁委员会申请立案仲裁，也可以向有管辖权的人民法院提起诉讼立案。比如，某农户与村委会就土地承包合同的履行问题产生纠纷，该农户可以选择向当地农村土地承包仲裁委员会申请仲裁立案，若对仲裁结果不服，还可以在规定时间内向人民法院起诉；当然，农户也可以直接向法院起诉立案。

再者，如果是涉及土地侵权、土地合同纠纷等平等主体之间的民事纠纷。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三条，人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼。这种情况下，当事人可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，由人民法院进行立案受理。例如，甲将自己的土地出租给乙使用，乙在使用过程中违反合同约定，对土地造成破坏，甲就可以向法院起诉乙的侵权行为，由法院立案审理。

最后，如果土地纠纷涉及违反土地管理法律法规的违法行为，如非法占用土地、破坏耕地等。根据《土地管理法》第六十七条，县级以上人民政府自然资源主管部门对违反土地管理法律、法规的行为进行监督检查。这种情况下，县级以上人民政府自然资源主管部门有权立案查处。比如，某企业未经批准擅自占用耕地建设厂房，当地自然资源主管部门可以对该违法行为进行立案调查并作出相应处罚。

总之，不同类型的土地纠纷案件，其立案部门是不同的。当事人在遇到土地纠纷时，需要准确判断纠纷的性质，选择正确的立案部门来解决问题。