离婚协议由哪个部门认定？

离婚协议的认定涉及到不同的情况和相应的部门。

首先，从协议生效角度来看，当夫妻双方自愿签订离婚协议，并共同到婚姻登记机关申请离婚登记时，婚姻登记机关会对离婚协议进行形式上的审查。根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条规定，夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。婚姻登记机关在审查时，主要看协议是否是双方真实意思表示，是否对子女抚养、财产及债务等重要事项有明确约定。如果协议符合要求，经过冷静期后，双方再次到婚姻登记机关申请发给离婚证，婚姻登记机关予以登记并发证，此时离婚协议生效。所以，在离婚登记程序中，婚姻登记机关起到了一定的审核作用。

然而，如果夫妻双方就离婚协议的履行或者协议本身的效力产生争议，向人民法院提起诉讼时，人民法院会对离婚协议进行实质性的认定。比如，一方认为签订协议时存在欺诈、胁迫等情形，请求变更或者撤销离婚协议中关于财产分割的条款。根据相关法律规定，人民法院会根据具体情况，结合证据来判断协议是否有效，是否应当按照协议履行。所以，在司法程序中，人民法院是认定离婚协议的重要部门。

综上所述，婚姻登记机关在离婚登记时进行形式审查，人民法院在涉及争议的诉讼中进行实质认定。