核准追诉案件办理有哪些疑难问题？

核准追诉是指对超过法定追诉时效的犯罪行为，经过特定程序批准后仍可进行追诉。这一制度主要是为了应对一些特殊情况，避免严重犯罪因时效经过而无法得到应有的惩处。

在核准追诉案件办理中，首先存在犯罪性质认定的疑难问题。判断犯罪行为是否属于应核准追诉的严重犯罪，需要结合具体的犯罪情节、危害后果等因素。根据《中华人民共和国刑法》第八十七条规定，法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年不再追诉。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。这里的“必须追诉”就需要对犯罪性质进行严格界定，实践中对于什么样的犯罪属于“必须追诉”的范围，不同案件可能存在不同观点。

证据收集与审查也是一大难题。由于案件已经过了较长时间，证据可能灭失、证人记忆模糊等。而核准追诉需要有足够的证据证明犯罪事实的存在。《人民检察院刑事诉讼规则》规定，办理核准追诉案件，应当全面、客观地收集、审查证据。但在实际操作中，如何收集到有效的证据，以及对这些证据的证明力如何判断，都存在困难。

另外，程序衔接也存在问题。核准追诉涉及基层检察院、上级检察院以及最高人民检察院等多个层级的程序流转。从基层检察院发现可能需要核准追诉的案件，到逐级上报，再到最高人民检察院作出决定，整个过程中各个环节的时间要求、材料报送等方面，都需要严格按照规定执行。但在实践中，可能会出现程序不顺畅、衔接不及时等情况，影响案件的办理效率和质量。