员工不承认拿回扣是否可以立案？

在探讨员工不承认拿回扣是否可以立案这个问题时，我们需要先了解拿回扣这种行为可能涉及的法律问题以及立案的相关规定。

拿回扣的行为可能涉及商业贿赂犯罪。商业贿赂是指经营者以排斥竞争对手为目的，为争取交易机会，暗中给予交易对方有关人员和能够影响交易的其他相关人员以财物或其他好处的不正当竞争行为。在公司企业等单位中，员工拿回扣的行为如果达到一定程度，就可能构成非国家工作人员受贿罪。

根据《中华人民共和国刑法》第一百六十三条规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。这里所说的“财物”就包括回扣。

关于立案标准，根据相关的司法解释，公司、企业或者其他单位的工作人员利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，或者在经济往来中，利用职务上的便利，违反国家规定，收受各种名义的回扣、手续费，归个人所有，数额在三万元以上的，应予立案追诉。

即使员工不承认拿回扣，只要公司有初步的证据证明员工可能存在拿回扣的行为，并且达到了立案标准，公安机关是可以立案的。证据可以包括书证、物证、证人证言、视听资料等。例如，公司发现员工与供应商之间存在异常的资金往来记录，或者有其他员工目睹了该员工收受回扣的过程等，这些都可以作为初步证据提交给公安机关。

总之，员工不承认拿回扣并不影响立案，关键在于是否有证据证明其存在拿回扣的行为以及是否达到了立案标准。如果公司认为员工拿回扣的行为损害了公司的利益，可以向公安机关报案，由公安机关进行调查。