已经申请抵扣过的发票还能找到吗？

从法律和实际操作层面来看，已经申请抵扣过的发票通常是可以找到的。

在会计核算和税务管理中，发票是重要的原始凭证。根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则规定，从事生产、经营的纳税人、扣缴义务人必须按照国务院财政、税务主管部门规定的保管期限保管账簿、记账凭证、完税凭证及其他有关资料。其中，发票作为重要的记账和完税凭证依据，需要按照规定妥善保管。一般来说，企业的发票等涉税资料保管期限为10年。

在实际操作中，企业财务部门通常会对发票进行专门的整理和归档。对于纸质发票，会存放在专门的档案柜中，并按照一定的分类和编号方式进行存放，以便于查找。对于电子发票，企业也会有相应的电子档案管理系统进行存储，通过输入发票的相关信息，如发票号码、开票日期等，就可以快速定位和查找。

同时，税务机关的税收征管系统也会记录企业发票的抵扣信息。企业可以通过税务申报系统、电子税务局等渠道，查询已抵扣发票的相关信息。如果企业在查找发票过程中遇到困难，也可以向税务机关申请协助查询。

综上所述，无论是从法律要求企业保管发票的角度，还是从实际操作中企业和税务机关的管理系统来看，已经申请抵扣过的发票是可以找到的。