公司发工资扣了税费但税务查不到怎么办？

当遇到公司发工资扣了税费，但是在税务系统却查不到相关记录的情况，首先我们要明白这可能涉及到公司未依法履行代扣代缴义务的问题。代扣代缴是指按照税法规定，负有扣缴税款义务的单位和个人，负责对纳税人应纳的税款进行代扣代缴的一种方式。在工资发放场景中，公司作为扣缴义务人，有责任从员工工资里扣除税款并缴纳给税务机关。

依据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十九条规定，扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。所以，如果公司扣了员工的税却没有缴纳，就违反了此规定。

遇到这种情况，你可以先和公司财务部门沟通，询问具体情况，要求其提供代扣代缴税款的相关凭证。若沟通无果，你可以向当地税务机关进行投诉举报。税务机关有专门的渠道来处理这类问题，他们会展开调查，一旦查实公司存在未依法代扣代缴的行为，会按照上述法律规定对公司进行处罚，同时也会保障你的合法权益，确保你纳税记录的准确性。

另外，你还可以通过个人所得税APP等官方渠道，仔细核对自己的收入和纳税申报情况。如果发现确实存在异常，及时向税务机关反映，以便及时解决问题，避免自身权益受到损害。