建设施工合同备案合同和“补充协议”不一致时，应按哪个标准进行结算？

当建设施工合同备案合同和“补充协议”不一致时，确定结算标准需要依据具体情况和相关法律规定来判断。

首先，我们需要了解一些基本概念。备案合同是指建设工程合同按照规定在相关建设行政主管部门进行备案的合同，它是建设工程承发包双方签订的用于工程建设和结算的依据之一。而补充协议则是在备案合同之后，双方当事人就合同中的某些条款进行修改、补充而达成的协议。

根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》（2020年修正）第二条规定，招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。招标人和中标人在中标合同之外就明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设单位捐赠财物等另行签订合同，变相降低工程价款，一方当事人以该合同背离中标合同实质性内容为由请求确认无效的，人民法院应予支持。

从这条规定可以看出，如果补充协议对备案合同中的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容进行了变更，且这种变更背离了中标合同的实质性内容，那么在结算时应当以备案合同为准。这是因为备案合同往往是经过法定程序签订的，体现了公平、公正、公开的原则，能够保障工程建设的顺利进行和双方当事人的合法权益。

然而，如果补充协议的变更并非实质性内容，或者是对备案合同的合理补充和细化，且不违反法律法规的强制性规定，那么补充协议是有效的，应当按照补充协议的约定进行结算。例如，补充协议只是对工程施工过程中的一些具体操作流程、验收标准等非实质性内容进行了调整，或者是对备案合同中未明确的事项进行了补充说明，这种情况下补充协议可以作为结算的依据。

此外，如果双方当事人在补充协议中明确约定了以补充协议为准，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么也应当尊重双方的约定，按照补充协议进行结算。

在实际操作中，如果双方对结算标准产生争议，可以通过协商、调解、仲裁或者诉讼等方式解决。在解决争议的过程中，法院或仲裁机构会根据具体情况，综合考虑合同的签订背景、履行情况、双方的真实意思表示等因素，来确定最终的结算标准。

总之，建设施工合同备案合同和“补充协议”不一致时，结算标准的确定需要具体问题具体分析，关键在于判断补充协议的变更是否属于实质性变更以及是否违反法律法规的强制性规定。双方当事人在签订补充协议时，应当谨慎考虑，确保协议内容合法、合理、明确，以避免不必要的纠纷。