主债权在履行时已过违约金诉讼时效该如何处理？

在探讨主债权在履行而违约金已过诉讼时效的问题前，我们先明确几个关键法律概念。诉讼时效是指权利人在法定期间内不行使权利，义务人便享有抗辩权，权利人的请求权就不再受法律保护。简单来说，如果过了诉讼时效，对方可以以时效已过为由拒绝履行相关义务。

根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

当主债权在履行，而违约金已过诉讼时效时，债权人仍然可以向债务人主张违约金。但是，如果债务人以诉讼时效已过进行抗辩，债权人的主张可能无法得到法院的支持。也就是说，一旦债务人提出时效抗辩，法院审查后认定时效确实已过，债权人就会丧失胜诉权，不能通过法院强制债务人支付违约金。

不过，如果债务人没有提出诉讼时效抗辩，法院不会主动适用诉讼时效的规定。这意味着，如果债务人没有意识到诉讼时效已过，或者没有以时效已过为由进行抗辩，债权人的主张仍有可能得到法院的支持。

此外，如果债务人自愿履行了违约金，事后又以诉讼时效已过为由要求返还的，法院不予支持。因为诉讼时效届满后，债务人的债务只是变成了自然债务，虽然不受法律强制力保护，但债务人自愿履行的，是其对自身权利的处分，这种履行行为是有效的。

在实际操作中，如果遇到这种情况，债权人可以先与债务人沟通，尝试通过协商的方式解决违约金问题。如果债务人愿意支付违约金，那么问题就可以得到解决。如果债务人拒绝支付并提出时效抗辩，债权人可以进一步收集是否存在诉讼时效中断、中止等情形的证据，因为这些情形可能导致诉讼时效重新计算或暂停计算。例如，债权人曾在诉讼时效期间内向债务人主张过违约金权利，就可能构成诉讼时效中断。