明知他人有间谍犯罪行为，在国家安全机关会怎样处理？

首先，对于明知他人有间谍犯罪行为却未向国家安全机关等相关部门报告的情况。根据《中华人民共和国反间谍法》，公民有维护国家安全、荣誉和利益的义务，不得有危害国家安全的行为，同时，发现间谍行为等危害国家安全的行为，应当及时向国家安全机关报告。

如果公民明知他人有间谍犯罪行为，却不履行报告义务，虽然一般情况下不会像间谍犯罪实施者那样承担严重的刑事责任，但可能会面临一定的批评教育。不过，如果存在故意隐瞒、阻碍调查等情节严重的情况，可能会被依法给予行政处罚。

而对于实施间谍犯罪行为的人，《中华人民共和国刑法》第一百一十条明确规定，有下列间谍行为之一，危害国家安全的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑；情节较轻的，处三年以上十年以下有期徒刑：（一）参加间谍组织或者接受间谍组织及其代理人的任务的；（二）为敌人指示轰击目标的。此外，根据《反间谍法》等相关法律，实施间谍行为的，应当依法追究刑事责任。国家安全机关会依法对间谍犯罪行为进行侦查、调查，收集相关证据，将案件移送至人民检察院审查起诉，最终由人民法院根据具体的犯罪事实和情节进行定罪量刑。