员工起诉时主体注销了该如何赔偿？

当员工起诉时发现用人单位主体已经注销，这时候赔偿问题的解决相对复杂，但并非没有办法。首先，我们要理解几个关键概念。公司注销意味着其法律主体资格消灭，就像一个人去世了，它不能再以公司的名义承担责任。但在某些情况下，相关责任人仍然要对员工负责。

根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国公司法>若干问题的规定（二）》第二十条规定，公司未经依法清算即办理注销登记，导致公司无法进行清算，债权人主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任的，人民法院应依法予以支持。也就是说，如果公司在注销前没有对员工的权益进行妥善处理，没有依法清算，那么公司的股东、董事等相关人员要承担赔偿责任。

如果公司是经过合法清算后注销的，在清算过程中，员工的工资、经济补偿等是作为优先清偿的债务。如果清算组没有按照规定通知员工，导致员工的权益受损，员工可以要求清算组成员承担赔偿责任。依据《公司法》第一百八十九条规定，清算组成员因故意或者重大过失给公司或者债权人造成损失的，应当承担赔偿责任。

所以，员工在遇到起诉主体注销的情况时，要先了解公司注销的程序是否合法。可以通过查询工商登记档案等方式获取相关信息。如果公司未依法清算就注销，就可以向股东等相关责任人主张赔偿；如果是清算过程有问题，就可以要求清算组成员赔偿。