犯罪嫌疑人已经死亡，案件该如何处理？

当犯罪嫌疑人已经死亡时，案件的处理需要遵循相关法律规定。

首先，《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条明确规定，犯罪嫌疑人、被告人死亡的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。

在不同的诉讼阶段，处理方式有所不同：

立案侦查阶段，如果犯罪嫌疑人死亡，应当撤销案件。这是因为人已经去世，再继续侦查下去没有实际意义，也是为了避免司法资源的浪费。

审查起诉阶段，此时犯罪嫌疑人死亡的话，应当作出不起诉决定。也就是说不会将案件再提交到法院进行审判了。

案件进入审理阶段，如果被告人死亡，应当裁定终止审理；不过根据已查明的案件事实和认定的证据，能够确认无罪的，应当判决宣告被告人无罪。这样能确保司法公正，即使人去世了，如果是被冤枉的，也要还其清白。

此外，即便犯罪嫌疑人已经死亡，若依照刑法规定应当追缴其违法所得及其他涉案财产的，人民检察院可以向人民法院提出没收违法所得的申请。还有，如果犯罪嫌疑人的行为导致受害人遭受损害需要承担民事责任，法院依然有权依法追溯，可通过让犯罪嫌疑人的财产继承人在所继承财产范围内进行补偿。

总之，法律对于犯罪嫌疑人死亡后的案件处理有明确规定，既保障司法程序合理进行，也维护各方合法权益。