已经抵扣的发票作废该怎么处理？

在税务处理中，已经抵扣的发票是不能直接作废的。因为发票一旦被抵扣，就意味着税务系统已经对这笔交易的税务情况进行了确认和记录。如果发现已经抵扣的发票存在问题，需要通过开具红字发票来进行相应的处理。

首先，我们来了解一下红字发票。红字发票其实就是负数发票，它的作用是冲销原来错误或者需要调整的发票。当已经抵扣的发票需要作废时，购买方需要在增值税发票管理新系统中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》。在填开信息表时，购买方需要根据实际情况填写相关信息，填写完成并上传后，系统会自动校验信息的准确性。

接着，主管税务机关会对信息表进行校验。只要购买方填开的信息表符合要求，系统校验通过后，就会生成带有“红字发票信息表编号”的《信息表》，并将信息同步至纳税人端系统中。

然后，销售方根据税务机关系统校验通过的《信息表》开具红字专用发票。销售方通过增值税发票管理新系统，以销项负数的形式开具红字专用发票。红字专用发票的内容要与《信息表》一致，这样才能确保冲销的准确性。

对于购买方来说，在填开《信息表》的当期就要进行进项税额转出。因为原来抵扣的进项税额是基于那张有问题的发票，现在需要通过进项税额转出，把这部分税额从可抵扣的范围中去除，保证税务计算的准确性。

依据《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第47号）的规定，一般纳税人开具增值税专用发票后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止等情形但不符合发票作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票的，按上述一系列规定的方法处理。所以，按照这个规定的流程操作，就能正确处理已经抵扣发票的相关问题。