税务机关根据税法相关规定作出的特别处理是否合法？

税务机关依据税法相关规定作出特别处理，在符合法律规定的前提下是合法的。

首先，我们来了解几个关键的税法概念。特别纳税调整就是税务机关作出特别处理的一种常见方式。它是指企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。简单来说，如果企业和它有关系的企业之间交易价格不合理，故意少交税，税务机关就可以进行调整。

根据《中华人民共和国企业所得税法》第四十一条规定，企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。企业与其关联方共同开发、受让无形资产，或者共同提供、接受劳务发生的成本，在计算应纳税所得额时应当按照独立交易原则进行分摊。此外，第四十四条规定，企业不提供与其关联方之间业务往来资料，或者提供虚假、不完整资料，未能真实反映其关联业务往来情况的，税务机关有权依法核定其应纳税所得额。

还有税收保全措施，这也是税务机关可能作出的特别处理。税收保全措施是指税务机关在规定的纳税期之前，对有逃避纳税义务行为的纳税人，限制其处理可用作缴纳税款的存款、商品、货物等财产的一种行政强制措施。《中华人民共和国税收征收管理法》第三十八条规定，税务机关有根据认为从事生产、经营的纳税人有逃避纳税义务行为的，可以在规定的纳税期之前，责令限期缴纳应纳税款；在限期内发现纳税人有明显的转移、隐匿其应纳税的商品、货物以及其他财产或者应纳税的收入的迹象的，税务机关可以责成纳税人提供纳税担保。如果纳税人不能提供纳税担保，经县以上税务局（分局）局长批准，税务机关可以采取税收保全措施。

所以，税务机关作出特别处理是有法律依据和严格程序要求的。如果纳税人对税务机关的特别处理有异议，可以通过合法途径，如申请行政复议、提起行政诉讼等来维护自己的合法权益。