个税手续费返还后员工退税了该怎么办？

首先，我们来了解一下个税手续费返还和员工退税这两个概念。个税手续费返还，简单来说，是税务机关按照一定比例，对代扣代缴个人所得税的单位给予的手续费返还，这是对单位履行代扣代缴义务的一种报酬。而员工退税，是指员工在年度汇算清缴时，发现自己预缴的个税超过了应缴纳的税额，从而向税务机关申请退还多缴的部分。

从法律规定来看，依据《个人所得税法》第十七条规定，对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给百分之二的手续费。当员工退税后，意味着单位代扣代缴的税款总额减少了。但是，目前并没有明确的法律条文规定单位在这种情况下必须退还相应的手续费。

在实际操作中，如果员工退税导致单位代扣代缴的税款与税务机关计算手续费所依据的税款有差异，一般可以和当地税务机关进行沟通。因为税务机关通常会根据实际的代扣代缴情况来确定手续费返还金额。如果是因为员工退税使得单位多获得了手续费，税务机关可能会要求单位退还多拿的部分；要是情况不严重，税务机关也可能不会追究。

所以，当遇到个税手续费返还后员工退税的情况，单位应当及时与当地税务机关取得联系，主动说明情况。按照税务机关的要求和指导来处理，以避免不必要的税务风险。