项目开发主体变更后耕地占用税纳税该怎么办？

首先，我们来解释一下耕地占用税。耕地占用税是对占用耕地建房或从事其他非农业建设的单位和个人，依据实际占用耕地面积，按照规定税额一次性征收的一种税。设立这个税种的目的主要是为了合理利用土地资源，加强土地管理，保护耕地。

当项目开发主体变更时，耕地占用税的纳税情况需要根据具体情况来处理。根据《中华人民共和国耕地占用税法》的相关规定，耕地占用税的纳税人是占用耕地建设建筑物、构筑物或者从事非农业建设的单位和个人。

如果项目开发主体变更发生在耕地占用行为之后但尚未完成纳税申报，一般情况下，纳税义务仍然是基于实际占用耕地的行为产生的。原开发主体在占用耕地时就已经产生了纳税义务，即便主体变更，在未完成纳税申报的情况下，原主体仍然有责任完成纳税申报和缴纳税款。但如果原主体和新主体之间有相关的约定，明确由新主体承担后续的纳税责任，并且经过税务机关认可，那么新主体可以办理相关的纳税事宜。

要是项目开发主体变更时已经完成了耕地占用税的缴纳，新主体一般无需再次缴纳该笔税款。不过，如果在主体变更过程中，涉及到耕地占用面积的调整、用途改变等情况，那么就需要根据新的情况重新确定纳税义务。例如，如果新主体增加了耕地占用面积，就需要对增加部分按照规定缴纳耕地占用税；如果改变了耕地用途，导致适用税额标准发生变化，也需要进行相应的税额调整和税款补缴或退还。

在实际操作中，无论是原主体还是新主体，都应当及时向当地税务机关报告项目开发主体变更的情况，并按照税务机关的要求提供相关资料，配合完成纳税事项的处理。税务机关会根据具体情况进行审核，确定纳税义务人、纳税金额和纳税期限等。