商标侵权由哪个机关处理？

商标侵权是指未经商标注册人的许可，在同一种商品或者类似商品上使用与其注册商标相同或者近似的商标等损害商标注册人合法权益的行为。当发生商标侵权时，有多个机关可以进行处理。

首先是市场监督管理部门。根据《中华人民共和国商标法》第六十一条规定，对侵犯注册商标专用权的行为，工商行政管理部门（现多为市场监督管理部门）有权依法查处。市场监督管理部门在处理商标侵权案件时，具有调查取证的权力。他们可以询问有关当事人，调查与侵犯他人注册商标专用权有关的情况；查阅、复制当事人与侵权活动有关的合同、发票、账簿以及其他有关资料；对当事人涉嫌从事侵犯他人注册商标专用权活动的场所实施现场检查；检查与侵权活动有关的物品；对有证据证明是侵犯他人注册商标专用权的物品，可以查封或者扣押。如果认定侵权行为成立，市场监督管理部门可以责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。对五年内实施两次以上商标侵权行为或者有其他严重情节的，应当从重处罚。

其次是人民法院。商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，通过民事诉讼来解决商标侵权纠纷。依据《中华人民共和国民事诉讼法》，人民法院会根据事实和法律进行审理。在审理过程中，法院会确定侵权人的赔偿责任，赔偿数额按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定；权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该商标许可使用费的倍数合理确定。对恶意侵犯商标专用权，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下确定赔偿数额。赔偿数额应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。

此外，海关也在商标保护方面发挥着重要作用。根据《中华人民共和国海关知识产权保护条例》，海关对与进出口货物有关并受中华人民共和国法律、行政法规保护的商标专用权实施保护。商标注册人发现侵权嫌疑货物即将进出口的，可以向货物进出境地海关提出扣留侵权嫌疑货物的申请。海关会对申请进行审查，如果认为符合规定，会扣留侵权嫌疑货物，并及时通知商标注册人。

综上所述，当遇到商标侵权问题时，商标注册人可以根据具体情况选择向市场监督管理部门投诉、向人民法院起诉或者向海关申请知识产权保护等途径来维护自己的合法权益。