开票给总公司但分公司付款是否可以？

从法律角度来看，开票给总公司但分公司付款这种情况在一定条件下是可以的，但也存在一些需要注意的地方。

首先，我们要了解几个重要的法律概念。“三流一致”是税务管理中的一个重要原则，它指的是货物流、发票流和资金流要保持一致。也就是说，销售货物、提供服务的一方，开具发票的主体，和收取款项的主体应该是相同的；购买货物、接受服务的一方，取得发票的主体，和支付款项的主体也应该是相同的。

根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。

如果开票给总公司但分公司付款，可能会被税务机关认为不符合“三流一致”原则，存在虚开发票的嫌疑。不过，如果能够有合理的解释和相关证明材料，这种情况也不一定就被认定为违规。比如，总公司和分公司之间有委托付款协议，明确分公司是受总公司委托进行付款，并且有相关的业务合同、物流单据等能证明业务的真实性，那么这种付款方式在法律上是可以得到认可的。

此外，还需要注意的是，不同地区的税务机关对于这种情况的执行和认定可能会存在差异。有些地区可能要求更为严格，会重点审查这种不一致的情况；而有些地区在企业能够提供充分证明材料的情况下，也会认可这种付款方式。

因此，为了避免潜在的税务风险和法律问题，建议在遇到开票给总公司但分公司付款的情况时，及时与税务机关进行沟通，说明实际情况，并按照税务机关的要求提供相关证明材料。同时，在业务往来中，要注意保存好所有与业务相关的合同、发票、付款凭证、物流单据等资料，以备后续查验。