发票开给分公司，但货款由总公司支付，这样允许吗？

发票开给分公司，但货款由总公司支付，这种情况是允许的。

从法律角度来看，分公司并非独立的法人实体，它虽然可以以自己的名义进行日常运营活动，包括签署合同、接收款项、开具发票等，但最终的法律责任是由总公司承担的。比如，根据《公司法》相关规定，分公司属于分支机构，其法律责任最终由主办单位负责处理。

从税务角度而言，也是可行的。例如，在实践中，有的公司实行财务集中管理，各分公司的款项由公司统一收支。《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发(1995)192号）规定，纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。但国税函〔2006〕1211号规定，对分公司购买货物从供应商取得的增值税专用发票，由总公司统一支付货款，造成购进货物的实际付款单位与发票上注明的购货单位名称不一致的，不属于国税发〔1995〕192号第一条第(三)款有关规定的情形，允许抵扣增值税进项税额。

不过，为了避免不必要的风险和纠纷，建议补充一个委托代收款协议或者证明，以明确双方的权利和义务。