不是合法夫妻该如何离婚？

首先要明确，不是合法夫妻不存在法律意义上“离婚”的说法。离婚是以双方存在合法婚姻关系为前提的。

如果只是单纯的同居关系，双方可以自行协商解除同居关系，同时对同居期间的财产分割、子女抚养等问题进行处理 。要是无法协商一致，那么可以向法院提起诉讼，请求法院解除同居关系，并对相关事宜作出处理。

如果是结婚证不合法的情况，又分不同情形。如果是1994年2月1日以前，会算作事实婚姻，这种情况下双方可以向人民法院起诉离婚，或者补办结婚证之后再进行离婚。要是在1994年2月1日之后，结婚证不合法就属于无效婚姻。无效的婚姻自始没有法律约束力，当事人不具有夫妻的权利和义务，只需向法院申请婚姻无效即可 。法律依据是《中华人民共和国民法典》第一千零五十四条规定，无效的或者被撤销的婚姻自始没有法律约束力，当事人不具有夫妻的权利和义务。同居期间所得的财产，由当事人协议处理；协议不成的，由人民法院根据照顾无过错方的原则判决。对重婚导致的无效婚姻的财产处理，不得侵害合法婚姻当事人的财产权益。当事人所生的子女，适用本法关于父母子女的规定。

另外，可撤销婚姻，比如因胁迫结婚的，受胁迫的一方可以向婚姻登记机关或人民法院请求撤销该婚姻。受胁迫的一方撤销婚姻的请求，应当自结婚登记之日起一年内提出。被非法限制人身自由的当事人请求撤销婚姻的，应当自恢复人身自由之日起一年内提出 。总之，不是合法夫妻要分开，需要依据具体情况，按照上述不同的法律规定和程序来处理。