当股权转让协议与工商登记不一致时，该如何妥善处理呢？

当股权转让协议与工商登记不符时，可通过以下方式处理：

首先，要明确股权转让协议的效力不受工商登记的影响。只要协议是依法订立的，就依然有效，因为工商登记并非协议的生效要件。

其次，可以申请公司登记机关变更登记或者更正其错误。根据《中华人民共和国公司登记管理条例》第三十四条规定，有限责任公司变更股东的，应当自变更之日起30日内申请变更登记。当事人可依据此规定，及时向公司登记机关提出申请，要求对不符的登记信息进行更正。

再者，受让股东可以向人民法院提起诉讼。一方面，可要求确认股权转让协议有效，并强制转让，然后由工商管理机关依据生效判决变更股权登记；另一方面，也可依据股权转让协议及其他变更文件，提起行政诉讼，起诉工商管理机关履行变更登记的职责。

另外，需要注意在涉及股东资格认定时的区别对待。若是与公司外的人发生纠纷，应当以工商登记为准；对内则应当以公司章程以及股东名册确定股东的资格，协议本身不具有确认股东资格的效力。同时，对于记名股票的转让，由股东以背书方式或者法律、行政法规规定的其他方式转让，转让后由公司将受让人的姓名或者名称及住所记载于股东名册。并且，股东大会召开前二十日内或者公司决定分配股利的基准日前五日内，不得进行股东名册的变更登记，但法律对上市公司股东名册变更登记另有规定的，从其规定。