电子发票作废了但对方已经报销了该怎么处理？

首先，我们要明白电子发票和传统纸质发票有所不同，电子发票一旦开具是不能作废的，只能开具红字发票来冲销。这就好比你写了一篇文章，如果写错了，不能直接把原来的文章抹掉，而是要另外写一篇文章来说明之前那篇文章里哪些内容是不对的。

从法律依据来看，依据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第二十七条规定，开具发票后，如发生销货退回需开红字发票的，必须收回原发票并注明“作废”字样或取得对方有效证明。但电子发票无法收回，所以只能开红字发票。

当电子发票作废（这里实际是本不该作废却操作了）且对方已报销时，正确的处理方式如下：你需要及时和对方沟通，说明发票作废的情况。告知对方按照财务规定，这张作废发票不能再作为报销凭证，需要重新处理。然后，你按照规定流程开具红字发票冲销原来作废的那张发票。开具红字发票后，再给对方开具一张正确的蓝字发票。对方拿到新的蓝字发票后，重新办理报销手续，把原来用作废发票报销的款项按公司财务流程进行调整。

如果对方不配合处理，不退还已报销款项或者不重新办理报销，你可以进一步通过书面函件再次明确告知对方相关情况和法律规定，如果还是不行，在必要时可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，比如向法院提起诉讼要求对方返还不当得利。不过，这种方式通常是在沟通无效的情况下才采用。