两个公司申报个税会有问题吗？

首先，两个公司申报个税本身不一定会有问题，但可能会涉及到一些需要注意的方面。

从法律上来说，《中华人民共和国个人所得税法》规定，居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税。综合所得包括工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得这四项。如果个人在两个公司取得收入，这两家公司分别按照各自发放的收入为个人申报个税是正常的操作。因为在预扣预缴阶段，每个公司并不知道纳税人在其他地方还有收入情况。

不过，在年度汇算清缴时，纳税人就需要将两处及以上取得的综合所得合并计算应纳税额。这是因为不同公司在预扣预缴时，可能会分别扣除基本减除费用（每月5000元）等扣除项目，而在年度汇算时，只能扣除一次。若不进行汇算，可能会导致少缴或者多缴税款。

如果少缴税款，根据《中华人民共和国税收征收管理法》规定，纳税人不进行纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。如果多缴了税款，纳税人可以通过年度汇算申请退税。

所以，两个公司申报个税本身不违法，但纳税人需要在年度汇算时如实申报综合所得情况，确保依法纳税，避免税务风险。