农村自建房有争议不能确权登记该怎么办？

当农村自建房存在争议而无法进行确权登记时，您可以通过以下步骤和方法来解决问题。

首先，我们要了解农村自建房确权登记的概念。确权登记就是政府相关部门对农村自建房的所有权、使用权等权利进行确认，并记录在专门的登记簿上，给房主颁发证书，以此来保障房主对房屋的合法权益。

如果遇到有争议不能确权登记的情况，第一步可以尝试自行协商。根据《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。您可以和争议的另一方坐下来，心平气和地沟通，明确各自的诉求和理由，看能否达成一致的解决方案。比如在边界争议问题上，双方可以共同查看老的地契、相关的建房审批文件等资料，确定房屋的合法范围。

若自行协商无法解决，那么可以申请村委会或人民调解委员会进行调解。这些组织具有丰富的调解经验，熟悉当地的情况和风俗习惯。他们会站在中立的立场，依据相关法律法规和实际情况，对双方进行劝导和协调，促使双方达成和解协议。

如果调解也不成功，就可以通过行政处理程序来解决。根据《土地管理法》的规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。您可以向当地的乡级或县级人民政府提出处理申请，政府会进行调查、取证，并根据事实和法律作出处理决定。

若对人民政府的处理决定不服，还可以在规定的时间内向人民法院提起行政诉讼。通过法院的审理和判决，最终确定房屋的权利归属，从而完成确权登记。总之，在解决争议的过程中，要依法依规，理性处理，以保障自己的合法权益。