发票已经勾选了但是未抵扣该怎么办？

在探讨发票已经勾选但未抵扣的处理办法之前，我们先了解几个重要的法律概念。发票勾选，就是纳税人通过增值税发票综合服务平台对取得的增值税专用发票、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票的抵扣、退税、代办退税用途进行确认的操作。而发票抵扣，则是指一般纳税人取得符合规定的发票后，按照发票上注明的税额，从销项税额中扣除的行为，这样可以减少纳税人实际缴纳的增值税税款。

根据《国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》（国家税务总局公告2020年第1号）第一条规定，纳税人取得增值税专用发票、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票后，如需用于申报抵扣增值税进项税额或申请出口退税、代办退税，应当登录增值税发票综合服务平台确认发票用途。如果发票已经勾选但未抵扣，首先要查看是否在申报期内。若在申报期内，纳税人可以通过增值税发票综合服务平台进行“撤销统计”操作，然后重新进行发票勾选和确认签名，之后再进行增值税纳税申报，完成抵扣。

要是过了申报期才发现发票勾选未抵扣，根据现行政策，增值税一般纳税人取得2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票，取消认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限。也就是说，即使过了申报期，也可以在以后的申报期内继续申报抵扣。但需注意的是，虽然取消了期限限制，仍要按照规定进行正确的会计核算和纳税申报，避免税务风险。如果涉及到账务处理方面的问题，应根据企业会计准则的相关规定进行调整。总之，遇到发票勾选未抵扣的情况，要根据具体情况按照规定的流程妥善处理。