农产品核定扣除企业取得专用发票该如何抵扣？

首先，我们来解释一下农产品核定扣除的概念。农产品核定扣除是指企业在计算应纳税额时，按照税务机关规定的方法和标准，对购进农产品的进项税额进行核定扣除，而不是像一般情况那样凭增值税扣税凭证直接抵扣。这一政策主要是为了加强农产品增值税进项税额抵扣管理。

对于农产品核定扣除企业取得专用发票的抵扣问题，根据《财政部 国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税〔2012〕38号）等相关规定，实行农产品核定扣除办法的企业购进农产品，不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额。也就是说，即使取得了专用发票，也不能像普通企业那样按照发票上注明的税额直接进行抵扣。

具体的抵扣方法主要有投入产出法、成本法和参照法。投入产出法是根据当期销售货物数量，按照确定的农产品单耗数量，计算当期允许抵扣农产品增值税进项税额。成本法是依据当期主营业务成本中耗用农产品的成本，按照规定的扣除率计算当期允许抵扣农产品增值税进项税额。参照法是新办的试点纳税人或者试点纳税人新增产品的，可参照所属行业或者生产结构相近的其他试点纳税人确定农产品单耗数量或者农产品耗用率。

企业应根据自身实际情况，选择合适的核定扣除方法，并按照税务机关的要求进行核算和申报。同时，要注意保存好相关的凭证和资料，以备税务机关检查。在实际操作过程中，如果对具体的扣除方法和申报流程存在疑问，建议及时咨询当地税务机关，以确保准确合规地进行抵扣。