对国务院部门所作的行政行为提起诉讼的案件应如何处理？

在我国，对于对国务院部门所作的行政行为提起诉讼的案件，有明确的法律规定来确定其管辖和处理方式。

首先，关于管辖法院。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第十五条规定，中级人民法院管辖下列第一审行政案件：（一）对国务院部门或者县级以上地方人民政府所作的行政行为提起诉讼的案件。所以，这类案件一般由中级人民法院作为第一审法院进行管辖。这是因为国务院部门的行政行为通常具有较强的专业性、复杂性和较大的影响力，由中级人民法院管辖有助于确保案件得到公正、专业的审理。

其次，在起诉方面。原告需要向法院提交起诉状，并按照被告人数提出副本。起诉状应当记明下列事项：原告的姓名、性别、年龄、民族、职业、工作单位、住所、联系方式，法人或者其他组织的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务、联系方式；被告的名称、住所等信息；诉讼请求和所根据的事实与理由；证据和证据来源，证人姓名和住所。

再者，关于审理和判决。法院在受理案件后，会按照法定程序进行审理。在审理过程中，双方当事人需要提供证据来支持自己的主张。法院会根据事实和法律进行公正的裁判。如果原告胜诉，国务院部门可能需要承担相应的法律责任，比如撤销违法的行政行为、重新作出行政行为等。如果原告败诉，原告也可以根据法律规定，在法定期限内向上一级人民法院提起上诉。

总之，对国务院部门所作的行政行为提起诉讼的案件，要严格按照行政诉讼法规定的程序进行，以保障当事人的合法权益和司法的公正。