纳税人在税务机关立案后再补缴税款会怎样？

纳税人在税务机关立案后再补缴税款，需要从多个方面来分析其法律后果。首先，根据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定，纳税人欠缴应纳税款，采取转移或者隐匿财产的手段，妨碍税务机关追缴欠缴的税款的，由税务机关追缴欠缴的税款、滞纳金，并处欠缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。但如果纳税人在税务机关立案后积极补缴税款，在一定程度上可以体现其认错和纠正错误的态度。

关于滞纳金，依据该法规定，纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。也就是说，即便在立案后补缴税款，滞纳金仍需按照规定缴纳，它是对纳税人未按时纳税的一种经济补偿。

在行政处罚方面，如果纳税人在立案后及时补缴税款、滞纳金，并且没有其他严重情节，税务机关可能会根据具体情况，从轻或者减轻行政处罚。但如果纳税人存在故意偷税、抗税等严重违法行为，即便补缴了税款，也可能无法免除行政处罚，甚至可能面临刑事处罚。《中华人民共和国刑法》规定，纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

总体而言，纳税人在税务机关立案后补缴税款是积极的行为，但仍需承担相应的滞纳金，行政处罚的程度则会根据具体情节来判定，严重违法的还可能面临刑事追责。