分公司注销时还存在期末留抵税款该怎么办？

在分公司注销时存在期末留抵税款的情况，我们需要依据相关法律规定来妥善处理。首先，解释一下期末留抵税款的概念。期末留抵税款是指当企业当期的销项税额小于进项税额时，其差额就形成了留抵税额，简单来说，就是企业多交的增值税，这部分税款可以留到以后的纳税期继续抵扣。

根据《财政部 国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税〔2005〕165号）规定，一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。也就是说，分公司注销时，留抵税额通常是不能申请退税的。

不过，虽然留抵税额不能退税，但分公司在注销前，如果总公司符合相关条件，留抵税额可以按规定进行转移。按照增值税相关规定，如果分公司与总公司实行统一核算，在分公司注销后，其尚未抵扣的进项税额可以结转至总公司继续抵扣。

分公司注销时，企业要按规定进行税务清算。在清算过程中，需要准确核算留抵税额，并按照税务机关的要求进行申报和处理。如果处理不当，可能会面临税务风险，比如被税务机关认定为偷税漏税等。因此，企业应当重视这一问题，必要时可以咨询专业的税务顾问或向当地税务机关详细咨询。