16岁女朋友住我家很久分手后告我强奸，我该怎么办？

首先，需要明确强奸罪的法律定义。强奸罪是指违背妇女意志，使用暴力、胁迫或者其他手段，强行与妇女发生性关系的行为。根据我国法律规定，与年满14周岁且自愿发生性关系的女性，不构成强奸罪。在你描述的情况中，你的女朋友已满16周岁，如果你们之间发生性关系是在双方自愿的基础上，那么从法律层面来讲，不构成强奸罪。

然而，当面临对方指控强奸的情况时，你需要注意收集能够证明双方是自愿发生关系的证据。例如，双方在相处过程中关于亲密关系的聊天记录、可以证明双方自愿的证人证言等。这些证据在后续可能的调查或者法律程序中至关重要。

如果对方报案，公安机关介入调查，你应当积极配合调查，如实陈述事实情况。同时，你也可以考虑委托专业的律师为你提供法律帮助和辩护。律师能够根据具体情况为你提供专业的法律建议，帮助你维护自己的合法权益。

总之，在这种情况下，要保持冷静，通过合法、合理的途径来解决问题，避免因为慌乱而做出不当的行为。