刑事案件证据不足事实不清楚该如何处理？

在刑事案件中，如果遇到证据不足、事实不清楚的情况，不同的诉讼阶段有不同的处理方式。

首先是审查起诉阶段。依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十一条第四款规定，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这其中还分为法定不起诉、酌定不起诉和存疑不起诉 。法定不起诉适用于情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪等几种情形；酌定不起诉是针对犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的情况；存疑不起诉就是针对补充侦查后仍证据不足不符合起诉条件的。

然后到了一审阶段。根据《刑事诉讼法》第二百条规定，在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，如果证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。也就是说一审时若出现这种情况，通常会判决无罪。

最后到二审阶段，如果二审法院发现案件证据不足事实不清楚，可能会改判或发回重审。发回重审就是让一审法院重新对案件进行审理，以进一步查明事实、补充证据等。总之，法律设置这些不同的处理方式，就是为了保障司法公正，防止冤假错案的发生，最大程度维护当事人的合法权益。