土地确权证已发但有纠纷该怎么办？

当土地确权证已经发放但出现纠纷时，可按照以下步骤和方法来处理。

首先要明确，土地纠纷主要分为两类，一类是土地权属纠纷，也就是对土地的所有权或者使用权的归属产生争议；另一类是土地侵权纠纷，即一方侵犯了另一方合法的土地权益。对于不同类型的纠纷，处理方式也有所不同。

根据《中华人民共和国土地管理法》第十四条规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。所以，当遇到土地纠纷时，当事人应该先尝试自行协商，心平气和地坐下来，就争议的问题进行沟通和交流，争取达成一致的解决方案。这种方式成本低、效率高，还能避免矛盾进一步激化。

如果协商不成，就要寻求政府的介入。对于个人之间或者个人与单位之间的纠纷，可以向乡级人民政府或者县级以上人民政府提出处理申请。政府会根据相关法律法规和实际情况进行调查和处理，作出行政裁决。

若当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。通过法律诉讼的方式，由法院依据事实和法律进行公正的判决。在诉讼过程中，当事人需要提供充分的证据来支持自己的主张，比如土地确权证、相关的合同、证人证言等。

此外，在处理土地纠纷的过程中，当事人要保持冷静和理智，依法依规维护自己的合法权益，避免采取过激行为导致矛盾升级。