公司案件中被告人有罪的举证责任由哪个机构承担？

在公司案件中，关于被告人有罪的举证责任承担机构问题，需要依据不同的情况来确定。

首先，在刑事诉讼领域，如果是涉及公司的刑事案件，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十一条规定，公诉案件中被告人有罪的举证责任由人民检察院承担。也就是说，当人民检察院代表国家对涉及公司犯罪的被告人提起公诉时，它有责任提供充分的证据来证明被告人确实实施了犯罪行为且达到了法律规定的定罪标准。比如在公司的诈骗案件中，检察院要拿出被告人有诈骗的主观故意、实施了诈骗行为以及造成了相应危害后果等方面的证据。

而在自诉案件里，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，被告人有罪的举证责任则由自诉人承担。如果是公司内部人员之间因某些纠纷，一方以刑事自诉的方式起诉另一方，那么起诉的这一方就需要自己去收集和提供证据证明对方有罪。

在民事诉讼中，遵循“谁主张，谁举证”的一般原则。如果是公司作为原告主张被告存在侵权或者违约等行为而有罪（这里的“有罪”在民事语境下更多是指有责任），那么公司就要承担举证责任，提供证据证明被告的行为符合相应的侵权或违约构成要件。比如公司起诉员工泄露商业秘密，公司就需要证明员工有接触商业秘密的机会、有泄露的行为以及给公司造成了损失等情况。若被告进行反驳，被告也需要对自己反驳的主张提供相应证据。