甲方代发农民工工资由谁申报个税？

在甲方代发农民工工资的情况下，确定由谁申报个税需要依据具体的法律规定和实际的劳动关系。

首先，我们来明确一下个人所得税申报的基本概念。个人所得税是对个人取得的各项应税所得征收的一种税。根据《中华人民共和国个人所得税法》第九条规定，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。也就是说，通常是谁支付工资，谁就有义务代扣代缴个税。

在甲方代发农民工工资的场景中，判断申报主体要先看农民工与谁建立了劳动关系。如果农民工是与乙方（比如劳务分包方）签订劳动合同，受乙方管理并为乙方提供劳动，乙方是真正的用人单位。即便甲方代发工资，从法律关系上，乙方才是支付所得的主体，所以一般应由乙方来履行代扣代缴农民工个人所得税的义务。

然而，如果存在特殊约定，比如甲方和乙方在合同中明确约定由甲方负责申报个税，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么按照约定执行，由甲方进行个税申报。但需要注意的是，即便有这样的约定，最终的纳税义务人仍然是取得工资的农民工本人。如果在申报过程中出现错误或未依法申报等情况，相关的法律责任划分可能会依据合同约定和具体情况来确定。所以，在实际操作中，各方都应该明确自己的权利和义务，确保个税申报的合规性。