建设工程合同补充协议能有效吗

建设工程合同补充协议在符合一定条件时是有效的。首先，工程建设需要签订书面的主合同，补充协议是对主合同的补充约定，不能代替主合同，如果只签订补充协议而没有主合同，那这个补充协议是无效的。

《中华人民共和国民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。这为补充协议的签订提供了法律依据，也就是说当主合同存在这些未明确的内容时，通过补充协议来明确是有效的。

此外，补充协议内容一般不能涉及主合同约定的主要标的物，不能对主合同进行实质性修改，不过在合同履行过程中正常的变更，如建筑面积变化等情况，可通过签订补充协议或签证来进行 。特殊情况下，像建筑许可、建筑工程发包与承包、建筑工程监理需要在相关部门备案的合同，以及经过招投标的合同，其条款一般不能在补充协议中随便更改，但现实中合同双方在主合同签订后订立与原合同不一致（主要是工程价款方面）的补充协议，按照招投标法及最高人民法院的相关司法解释，这样的补充合同中的内容具有相应效力，也不能推翻原合同。

从理论上说，经过备案的以及经过招投标的合同，涉及合同实质性内容的变更签证，应再度进行备案，不过目前法律上对这种备案是否强制及如何备案并无新增规定，可参考当地备案部门要求决定。

相关概念：

主合同：就是最初签订的关于建设工程的基础性合同，确定了双方基本的权利和义务关系。

补充协议：是在主合同基础上，对主合同中未约定或约定不明确的内容进行补充约定的协议 。

实质性修改：指对合同主要内容，如标的物、价款、履行方式等进行重大改变，可能影响合同根本性质和双方主要权利义务的修改 。