不予起诉的案件已结案三年了该怎么办？

首先，我们来了解一下“不予起诉”的概念。不予起诉是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件和自行侦查终结的案件进行审查后，认为犯罪嫌疑人的行为不符合起诉条件或没有必要起诉的，依法不将犯罪嫌疑人提交人民法院进行审判、追究刑事责任的一种处理决定。

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定；对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

当案件作出不予起诉决定且已结案三年后，通常来说，案件已经处于终结状态，当事人无需再进行额外的法律程序。如果是法定不起诉（比如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪等情形）、证据不足不起诉，意味着当事人在法律上不被认定为有罪。

在这种情况下，如果没有新的证据证明存在新的犯罪事实，司法机关一般不会再对该案件进行追诉。而且，如果之前有采取强制措施，如被拘留、逮捕等，当事人还可以根据《中华人民共和国国家赔偿法》的规定，申请国家赔偿。

不过，在一些特殊情况下，例如发现了新的证据足以证明犯罪嫌疑人有罪，且未过追诉时效，司法机关可能会重新启动诉讼程序。但这种情况相对较少，并且要严格依照法定程序进行。当事人如果对案件的后续情况仍有疑虑，可以向作出不予起诉决定的人民检察院进行咨询，以获取更准确的信息。