不能抵扣的发票抵扣了该怎么处理？

在处理不能抵扣的发票却被抵扣了这种情况时，我们需要先了解一些基本的法律概念和规定。增值税发票抵扣，简单来说，就是企业在缴纳增值税时，可以用取得的符合规定的发票上注明的税额，来抵减自己应该缴纳的增值税额。但不是所有的发票都能用来抵扣。

根据《中华人民共和国增值税暂行条例》以及相关税收法规规定，用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产等对应的进项税额不得从销项税额中抵扣。如果不小心把不能抵扣的发票进行了抵扣，这属于违规操作。

当发现这种情况后，首先要做的就是进行进项税额转出。进项税额转出就是把已经抵扣的那部分税额，从当期的进项税额中减掉，增加当期的应纳税额。具体操作是在增值税纳税申报表上，按照规定填写相应的进项税额转出栏次。

比如，企业把用于集体福利的商品发票进行了抵扣，后来发现错误，就需要把这部分发票对应的进项税额，在纳税申报时做转出处理。

如果企业主动发现并及时处理，一般来说税务机关不会给予处罚。但如果是税务机关检查发现企业存在不应抵扣而抵扣的情况，企业除了要做进项税额转出补缴税款外，还可能会被加收滞纳金，甚至面临罚款。滞纳金是从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的金额。罚款则根据具体的违法情节和相关法规来确定。

所以，企业应该定期对发票抵扣情况进行自查，确保抵扣的发票符合规定，避免不必要的税务风险。如果对发票抵扣问题存在疑问，也可以咨询当地的税务机关或者专业的税务顾问。