违反行政法规的协议是否会被认定为有效呢？

违反行政法规的协议是否有效，需要根据具体情况来判断，并非一概而论。

首先，要明确“行政法规”的概念。行政法规是国务院为领导和管理国家各项行政工作，根据宪法和法律，按照法定程序制定的有关政治、经济、教育、科技、文化、外事等各类法规的总称。

从法律规定来看，依据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。也就是说，如果协议违反的是行政法规中的强制性规定，且该规定会导致协议无效，那么此协议就是无效的；若违反的并非强制性规定，或者虽然违反强制性规定但并不必然导致协议无效，那么协议依然可能是有效的。

例如，某些行业有特定的行政许可要求，如果协议涉及的业务必须取得许可而未取得，且相关行政法规明确规定此类未经许可的行为无效，那么该协议就会被认定为无效。反之，如果只是违反了一些管理性规定，并不影响协议本身的核心目的和效力，协议可能仍然有效。

总之，判断违反行政法规的协议是否有效，关键在于对具体行政法规条款的性质和影响的分析。