当事人达成和解后，是否应由申请人向行政复议机构进行后续操作？

在行政复议中，当当事人达成和解后，的确通常是由申请人向行政复议机构提交书面和解协议。这是因为申请人是主动启动行政复议程序的一方，在和解达成后，由其向复议机构表明双方已经达成和解并提交相关协议，符合程序逻辑。

这里涉及到的法律依据是《中华人民共和国行政复议法实施条例》第四十条。该条规定，公民、法人或者其他组织对行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权作出的具体行政行为不服申请行政复议，申请人与被申请人在行政复议决定作出前自愿达成和解的，应当向行政复议机构提交书面和解协议；和解内容不损害社会公共利益和他人合法权益的，行政复议机构应当准许。

这意味着，首先，和解必须是在行政复议决定作出之前达成，一旦复议决定已经作出，就不存在和解后向复议机构提交协议的情况了。其次，和解需要以书面协议的形式呈现并提交给行政复议机构。最后，和解的内容不能损害社会公共利益和他人合法权益，只有满足这些条件，行政复议机构才会准许和解。所以，申请人在达成和解后，要及时准备好书面和解协议并提交给行政复议机构，配合复议机构完成后续程序。