纳税人与税务机关发生纳税争议该怎么办？

当纳税人与税务机关发生纳税争议时，这其实是指纳税人、扣缴义务人、纳税担保人对税务机关确定纳税主体、征税对象、征税范围、减税、免税及退税、适用税率、计税依据、纳税环节、纳税期限、纳税地点以及税款征收方式等具体行政行为有异议而产生的争议。

首先，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第八十八条规定，纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议。这里强调了一个前置程序，也就是要先完成纳税相关的义务或者提供担保，这是为了保证国家税收的正常征收秩序。

如果纳税人对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院起诉。这就给纳税人提供了进一步的救济途径。行政复议是向作出具体行政行为的税务机关的上一级机关提出，由上一级机关对该争议进行审查和裁决。而向法院起诉则是通过司法途径来解决争议，法院会依据相关法律和事实进行公正的审理。

另外，如果是当事人对税务机关的处罚决定、强制执行措施或者税收保全措施不服的，既可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院起诉。这和纳税争议的处理程序有所不同，给予了当事人更多的选择权利。总之，纳税人在遇到与税务机关的争议时，要按照法律规定的程序来维护自己的合法权益。