员工入职两个月离职，个税变负数了怎么办？

首先，我们来解释一下个税出现负数这种情况。个人所得税一般是按照累计预扣法来计算预扣税款的。累计预扣法就是在一个纳税年度内，以纳税人截至当前月份累计取得的工资薪金所得收入额减除累计基本减除费用、累计专项扣除、累计专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额为累计预扣预缴应纳税所得额，适用个人所得税预扣率表一，计算累计应预扣预缴税额，再减除累计减免税额和累计已预扣预缴税额，其余额为本期应预扣预缴税额。余额为负值时，暂不退税。纳税年度终了后余额仍为负值时，由纳税人通过办理综合所得年度汇算清缴，税款多退少补。

对于员工入职两个月就离职导致个税变成负数的情况，在预扣预缴阶段，不用着急退税。因为按照国家税务总局关于发布《个人所得税扣缴申报管理办法（试行）》的公告（国家税务总局公告2018年第61号）规定，本期应预扣预缴税额为负值时，暂不退税。在纳税年度结束后，如果经过全年的综合所得汇算，仍然是负数，那么员工就可以通过办理综合所得年度汇算清缴来申请退税。

具体来说，员工可以在次年3月1日至6月30日期间，通过个人所得税APP等渠道办理年度汇算。在汇算时，会将员工全年的收入、扣除等情况进行汇总计算。如果计算结果显示有多缴纳的税款，就可以申请退税，税务机关会按照规定将多缴的税款退还到员工指定的银行账户。而公司在员工离职后，按照正常的税务申报流程进行操作即可，如实申报员工在职期间的收入和扣除情况。