行政处罚在两年内发现但在两年后作出处罚是否合法？

要判断行政处罚在两年内发现但在两年后作出处罚是否合法，我们得先了解行政处罚的时效规定。

《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。这里的两年时效是指从违法行为发生之日起计算，如果违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。

从这个规定来看，时效的起算点是违法行为被发现的时间，而不是作出处罚的时间。也就是说，只要行政机关在两年内发现了违法行为，即便在两年后才作出处罚决定，通常也是符合法律规定的。因为法律规定的两年时效是对发现违法行为的时间限制，而非作出处罚的时间限制。

不过，行政机关也不能无限期拖延作出处罚决定。行政机关应该在合理的时间内处理案件，作出处罚决定。如果行政机关存在故意拖延、不作为等情形，当事人可以通过行政复议或者行政诉讼等途径来维护自己的合法权益。例如，当事人可以主张行政机关的拖延行为给自己造成了不必要的损失，要求行政机关承担相应的责任。

所以，一般情况下，行政处罚在两年内发现两年后作出处罚是合法的，但行政机关的处理也应该遵循合理、公正的原则。如果当事人认为行政机关的处罚决定不合理或者不合法，可以通过合法途径寻求救济。