被告不承认笔迹时由谁来申请鉴定？

在民事诉讼中，当被告不承认笔迹时，关于由谁来申请笔迹鉴定的问题，需要依据举证责任分配的相关规则来确定。

举证责任是指当事人对自己提出的主张有提供证据进行证明的责任。一般遵循“谁主张，谁举证”的基本原则，这是《中华人民共和国民事诉讼法》第六十七条规定的内容。也就是说，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。

如果原告依据合同等书面文件来主张权利，而被告对笔迹真实性提出异议，在这种情形下，原告主张合同等文件是真实有效的，就需要证明文件上的笔迹是被告所写，所以通常由原告来申请笔迹鉴定。因为原告要通过鉴定结果来支持自己的主张，完成举证责任。

不过，也存在特殊情况。比如被告提出了笔迹不是自己所写，同时又提出了合理的怀疑依据或反驳证据，使得案件事实处于真伪不明的状态，此时法院可能会根据具体情况，要求被告也承担一定的举证责任，即让被告申请笔迹鉴定。

总之，在被告不承认笔迹时，通常先由主张该笔迹真实性的一方（一般是原告）申请鉴定，但法院会根据案件实际情况，依据举证责任的分配和公平原则来确定最终由谁申请笔迹鉴定。