相关部门明知村民房屋是违建还批准建房，这种情况该如何处理？

在这种情况下，我们需要从多个方面来分析和解决问题。首先，“违建”指的是违反了《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规规定建设的房屋。通常，未经规划许可或者未按照规划许可的内容进行建设的建筑都可认定为违建。

从村民角度看，虽然获得了相关部门的批准，但如果房屋确实属于违建，即使有批准文件，也不能改变房屋违建的本质。依据《城乡规划法》第六十四条规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

而对于相关部门明知是违建还批准建房的行为，这属于行政违法。根据《中华人民共和国行政诉讼法》等相关法律，当事人可以对该批准行为提起行政诉讼，要求撤销该批准决定。同时，对于相关部门工作人员的失职、渎职行为，按照《中华人民共和国公务员法》以及相关行政纪律规定，要给予相应的行政处分；如果构成犯罪的，还应当依据《中华人民共和国刑法》等法律追究刑事责任。比如在涉及滥用职权、玩忽职守等犯罪行为时，相关责任人会受到法律的制裁。