公司以两个公司名义发工资导致需要补税该怎么办？

首先，我们来解释一下相关的法律概念。个人所得税是对个人取得的各项应税所得征收的一种税。我国实行综合所得征收制度，将工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得这四项合并为综合所得，按纳税年度合并计算个人所得税。

根据《中华人民共和国个人所得税法》第九条规定，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。纳税人有中国公民身份号码的，以中国公民身份号码为纳税人识别号；纳税人没有中国公民身份号码的，由税务机关赋予其纳税人识别号。扣缴义务人扣缴税款时，纳税人应当向扣缴义务人提供纳税人识别号。

在您的情况中，公司以两个公司名义发工资，从税务角度来看，两个公司都有义务按照规定扣缴您的个人所得税。然而，最终的纳税义务主体是您个人。如果因为公司这种操作导致您需要补税，关键要看公司在发放工资时是否履行了正确的扣缴义务。

如果公司在发放工资时没有足额扣缴税款，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十九条规定，扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。也就是说，税务机关会要求您补缴税款，但公司可能会面临相应的处罚。

您可以先与公司沟通，了解公司为何以两个公司名义发工资，要求公司提供工资发放和个税扣缴的相关明细。如果确定是公司未足额扣缴导致您需要补税，您可以要求公司承担相应的责任。若公司拒绝承担，您可以向当地税务机关反映情况，税务机关会进行调查处理。同时，您要及时补缴税款，避免产生滞纳金等额外费用。