对国务院部门所作的行政行为提起诉讼的案件该如何处理？

在我国，当公民、法人或者其他组织认为国务院部门所作的行政行为侵犯其合法权益时，是可以依法提起行政诉讼的。这是公民维护自身合法权益、监督行政机关依法行使职权的重要途径。

首先，关于管辖法院，根据《中华人民共和国行政诉讼法》第十五条规定，中级人民法院管辖下列第一审行政案件，其中就包括对国务院部门或者县级以上地方人民政府所作的行政行为提起诉讼的案件。也就是说，对国务院部门所作的行政行为提起诉讼的第一审案件，应当由中级人民法院来管辖。这是因为国务院部门的行政行为通常具有较高的专业性、复杂性和影响力，由中级人民法院管辖有助于确保案件得到公正、专业的审理。

其次，从起诉条件来看，依据《行政诉讼法》第四十九条规定，提起诉讼应当符合下列条件：原告是符合本法第二十五条规定的公民、法人或者其他组织；有明确的被告；有具体的诉讼请求和事实根据；属于人民法院受案范围和受诉人民法院管辖。具体来说，原告要与被诉行政行为有直接的利害关系，被告要明确是作出该行政行为的国务院部门，要有具体的诉求比如撤销该行政行为、要求赔偿等，并且要有一定的事实来支撑自己的诉求。

再者，起诉的期限也很关键。一般情况下，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。如果是经过行政复议后再起诉的，应当在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。复议机关逾期不作决定的，申请人可以在复议期满之日起十五日内向人民法院提起诉讼。法律另有规定的除外。