短缺原材料由运输公司赔偿是否需要进项转出？

首先，我们来解释一下“进项税额转出”这个概念。进项税额转出是指企业购进的货物发生非正常损失（非经营性损失），以及将购进货物改变用途（如用于非应税项目、集体福利或个人消费等），其抵扣的进项税额应通过“应交税费——应交增值税（进项税额转出）”科目转入有关科目，不予以抵扣。

根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：（二）非正常损失的购进货物，以及相关的劳务和交通运输服务；（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、劳务和交通运输服务。这里的“非正常损失”，依据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十四条，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。

在原材料短缺由运输公司赔偿的情况下，如果短缺是因为运输公司的责任，并非企业自身管理不善导致的非正常损失，那么通常是不需要做进项税额转出的。因为企业并没有发生真正意义上的不能用于生产经营且不可挽回的损失，运输公司的赔偿弥补了这部分短缺带来的损失。

但如果短缺是由于企业自身管理不善等原因造成的，即使运输公司进行了赔偿，按照规定还是需要做进项税额转出。企业需要根据实际情况，准确判断短缺原因，按照相关税收法规进行正确的税务处理。