员工个税少扣了已离职员工的工资该怎么办？

在这种情况下，我们需要从几个方面来分析和处理。首先，我们要明确一下个人所得税的概念。个人所得税是国家对本国公民、居住在本国境内的个人的所得和境外个人来源于本国的所得征收的一种所得税。在员工工资发放方面，公司作为扣缴义务人，有义务按照法律规定准确计算并代扣代缴员工的个人所得税。

根据《中华人民共和国个人所得税法》第九条规定，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。纳税人有中国公民身份号码的，以中国公民身份号码为纳税人识别号；纳税人没有中国公民身份号码的，由税务机关赋予其纳税人识别号。扣缴义务人扣缴税款时，纳税人应当向扣缴义务人提供纳税人识别号。这就表明公司有代扣代缴的责任。

当出现公司少扣已离职员工个税的情况时，从法律角度来讲，纳税义务主体是员工本人，少扣的个税最终是需要员工补缴的。公司应该及时联系该离职员工，向其说明情况，告知少扣个税的事实以及需要补缴的金额。可以通过电话、邮件或者书面函件等方式与员工沟通。

如果员工配合补缴，公司可以协助员工进行相关操作。比如提供之前的工资明细、纳税申报记录等资料，帮助员工准确计算应补缴的税额。员工可以通过个人所得税APP等渠道进行自行申报补缴。

然而，如果员工不配合补缴，公司也不能完全置之不理。因为公司作为扣缴义务人，未足额代扣代缴税款可能会面临税务机关的处罚。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十九条规定，扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。所以，公司一方面要保留好与员工沟通的记录，证明自己已经尽到了告知义务；另一方面，要主动向税务机关报告情况，配合税务机关的调查和处理。税务机关会根据具体情况向员工追缴税款，并对公司可能存在的责任进行判定和处理。总之，遇到这种情况，公司要积极按照法律规定妥善处理，避免给自己带来不必要的法律风险。